种皮来自于珠被（母本）。随种子的成熟，胚珠的珠被经不同程度的变化而形成，虽然多少有例外，但裸子植物和被子植物合瓣花类是由一层构成的，离瓣花类和单子叶植物是由二层构成的。由二层构成的种皮，特分为内种皮和外种皮。

种皮结构的多样性是由珠被的数目和厚度、细胞的厚壁化、机械细胞的分布、色素和有机物的沉积、细胞的退化消失、表皮细胞的特化等组合原因而形成的。
伞形科和菊科的珠被细胞内含物减少，种皮成为薄膜状。在百蕊草、玉米中看不到种皮。如臭松属珠被和胚乳都消失，也看不到种皮的发育，幼胚直接由子房壁被覆。棉、柳的种皮表皮细胞细长延伸成为纤维细胞。
蓖麻、菜豆表皮细胞沉积色素，形成带色花纹．石刁柏外珠被的表皮细胞和内珠被全部角质化。
亚麻、车前草的种皮的表皮有吸湿性，可因湿气而成为粘胶状。木樨草属的内珠被表皮发育成为种皮。眼子菜的种皮通过在鸟类体内对其表面的消化，可促进种子发芽。种皮具有保护种胚和萌发时吸收水分的作用。