司马迁是以腐刑赎身而死。随着公孙敖迎李陵未功，谎报李陵为匈奴练兵以期反击汉朝之后，武帝族了李陵家，而司马迁也以“欲沮贰师，为陵游说”被定为诬罔罪名。诬罔之罪为大不敬之罪，按律当斩。终于，在那个“臧获婢妾犹能引决”的时代，司马迁毅然选择了以腐刑赎身死。至此，司马迁背负着父亲穷尽一生也未能完成的理想。

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主要成就：
一、文史
公元前91年（征和二年），《史记》全书完成。全书130篇，五十二万六千五百余字，包括十二本纪、三十世家、八书，对后世的影响极为巨大，被称为“实录、信史”，被鲁迅先生誉为“史家之绝唱，无韵之离骚” ，列为前“四史”之首，与《资治通鉴》并称为“史学双璧”。
二、思想
司马迁借老子之口说出了被他改造过和发展了的至治理想。保留了道法自然的内核，有意识地剔除了反映原始社会“小国寡人”和奴隶社会“使民”如何的思想，体现了深得道家精髓的“与时迁移”思想。其核心是天道自然，要旨是人民的足欲。
三、天文
在两汉时期的星象家中，首先要提出司马迁。大家都知道司马迁是一个伟大的史学家，而不知他也是一位对天文星象精到造诣的专家。其实只要仔细读其《史记》的《天官书》、《律书》、《历书》，就可明白称他为天文星家专家决非虚誉。